Your comments

Не совсем понятно, а кто вам мешает переверстать шаблоны где это только можно на дивы?
Есть еще более частные случаи, когда шаблон колбасится на локал хосте, а на рабочем сайте есть уже этот шаблон но без изменений. И приходится переносить руками, вспоминая где и что поменял. Былобы великолепно еслибы переносился не только шаблон сайта  с цсс, но и шаблоны модулей тоже. Потомучто общий дизайн сайта подразумевает правку как шаблонов так и модулей.
так любой виджет грузит шаблоны. Да и вывод пхп в теле предпологается без форматирования? или вообще вывода не предполагается? тогда это совсем частные случаи .. если же предполагается вывод с форматированием но средствами пхп, тогда теряется общая концепция амиро. В любом случае можно организовать виджет который будет подгружать пхп из базы и выполнять его - своими силами, правда производительность будет не ахти, либо встраивать в сам движок, но чтото мне подсказывает, что в движек выполнение прямого кода пхп не предусмотренно, ибо зачем тогда городить этот лес с айпи?
Сергей , вопрос стоит несколько по другому. Амиро фри появилась сравнительно недавно, но взрывной популярности не завоевала, не смотря на то что вполне себе хорошая система. лет 6 назад примерно я видел амиро, но зазаенденый код и платность системыменя в общемно не воодушевили. Давайте подумаем, почему разработчики всетаки выпустили амиро фри, на мой взгляд все очевидно.. больше больше проектов на фри, больше рекламы, больше потенциальных покупателей и тд и тп. при желании Вы сможете найти массу обсуждений нужнали фри версия продукта или достаточно триала, большинство сходятся во мнении, что нужна не просто нужна а необходима. И тут уж зависит от разработчиков какой функционал они оставят во фри версии. Надо отдать должное Амире - функционал достаточен для создания полноценного сайта, но дело в том, что не все умеют писать ручками и в большинстве своем тыкают мышкой в надежде что все заработает. По этому система должна быть не просто мощная с хорошим айпи, но и с массой бесплатных плагинов с возможностью загрузки без фтп, со всякими блоками примочками и бесплатными темами оформления. Тогда фри версия станет популярной и различные дети домохозяек заведя свой бизнес и пойдя работать на дядю, будут колбасить свои сайты на амиро, потом покупать платные версии и плантый функционал и нанимать разработчиков. А для этого в свою очередь нужен централизированный архив плагинов, блоков, тем. как платных так и бесплатных. Немного сумбурно и не аргументированно, но надеюсь мысль мою уловили.
А по поводу ложится весь сайт. как правильно заметил БДСМ, земля слухами полнится и рейтинг с коментами на цетрализованном хранилеще плагинов поможет Вам не наступить на грабли и не уронить сайт. Ну и кроме тогобэкапп никто не отменял.
Подведу итого:
Любая супер пупер система, будет приносить меньше денег не имея фри версию, документацию,  фри плагинов и фри темм оформления. Больше объем сайтов на амиро фри => больше объем продаж.
Залил сайт ни хостинг .. мой первый сайт на амиро ) можете меня поздравить). Объясню "мою" идею на примере ( мою в контексте вашей системы, на самом деле идее столет в обед и она используется во всех цмс которые умеют формировать меню)   и так сайт http://www.sprintplast.ru/ страница http://www.sprintplast.ru/about.html .. название страницы "Информация о нашей компании" а название ссылки "О компании" тайтл ссылки " Информация о компании ООО «СПРИНТ-ПЛАСТ» " . Надеюсь теперь понятно, что я имел ввиду.
Что в результате мы получили?
1. Не нарушение дизайна .. 
2. поисковики теперь знают, что на этой странице хранится информация о компании спринт пласт
3. Заголовок страницы имеет вменяемый человеческий вид.
Собственно все . спасибо за внимание.
,более того эти тэги, не только должны формироваться в в хеадере но и посылаться сервером .
Более того, не обязательно магазин. ведь магазин предполагает премодерацию плагинов и проверку их на работоспособность , а это людской и временой ресурс, на что Амиро врядли пойдет, а вот прикрутить страничку куда разработчики смогут заливать свои плагины или хотябы оставлять описание плагинов с сылкой на свой сайт или на местоположение плагинов было бы неплохо.
Былобы неплохо заиметь внутренний крон, может быть даже со своим синтаксисом или айпи, чтобы можно было выполнять задания по шедулеру.